Qua thực hiện Chương trình chữa tim bẩm sinh cho trẻ em nghèo bất hạnh, Ban chỉ đạo rút ra một số kinh nghiệm là:
1. Trong hoạt động đúng tôn chỉ mục đích của chương trình, bám sát mục tiêu quản lý thực hiện đúng cam kết qua các dự án ký kết, công khai, minh bạch đúng nguyên tắc tài chính: Tất cả vì sự chăm sóc trẻ em bất hạnh bị bệnh tim bẩm sinh. Chương trình đã thực hiện được việc này nên được sự tín nhiệm của các tổ chức.
2. Trong tổ chức thực hiện, xác lập phương châm hoạt động: “Nhà nước, các tổ chức chính trị xã hội, phi Chính phủ, gia đình tộc họ cùng tham gia” thể hiện trách nhiệm của từng tổ chức, gia đình cùng chăm sóc, phù hợp luật bảo hiểm y tế “đồng chi trả”. Đã tạo điều kiện cho các cháu bị bệnh tim bẩm sinh được cứu chữa kịp thời.
3. Xây dựng được mối quan hệ hợp tác hữu nghị, trách nhiệm và lương tâm. Trong phối hợp tổ chức từ khám phát hiện bệnh tim, tư vấn cho gia đình phẫu thuật ở bệnh viện, điều trị sau phẫu thuật, đến khi cháu hoà nhập cộng đồng đúng tôn chỉ mục đích của chương trình.
4. Đảm bảo mối quan hệ hợp tác đối với đối tác đúng đắn, tôn trọng pháp luật và mục đích hoạt động của nhau.
Bảo đảm tài trợ đến bệnh nhân, thông qua chuyển khoản (chi tiền mặt có lúc đến túi cha mẹ nhưng không đến bệnh của con).
5. Tổ chức thí điểm rút kinh nghiệm:
Lúc bấy giờ Bệnh viện phẫu thuật tim ở Đà Nẵng chưa có. Trong tổ chức thực hiện chương trình chữa tim bẩm sinh cho trẻ em nghèo bất hạnh chữa có kinh nghiệm. Tổ chức thí điểm rút kinh nghiệm đưa các cháu ra Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức Hà Nội phẫu thuật 45 cháu thành công.
Đây là những bài học kinh nghiệm trong tổ chức thực hiện chương trình.